Contents
iv
DXRxi User Guide
Thermo Scientific
Positioning the Motorized Stage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Using Confocal Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Using the Raman Polarization Option. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Changing the Laser, Filter, and Grating. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Installing a 633 nm Laser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Enabling the Laser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Optional Class 3B Laser Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Using a Class 3B Fiber Optic Launcher Accessory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Installing the Microscope Alignment and Calibration Tool . . . . . . . . . . . . . . 46
Cleaning Your Instrument. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Replacing the Nosepiece . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Replacing an Illuminator Bulb. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Laser Precautions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Biohazards or Radioactive Materials and Infectious Agents . . . . . . . . . . . . . . 56
Cooling Vents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Ventilation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Microscope Safety Labels. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
OMNICxi Software Operation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63
General Workflow. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Overview of the Workspace. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
OMNICxi Acquisition Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
General Features and Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
Video Mode Features and Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
Image Regions Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
Image Cross Section Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Live Spectrum Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
OMNICxi Analysis Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
3D Analysis and Terrain Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
Instrument Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
Collect a Mosaic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Acquire and Analyze Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
Acquire a Preview Chemical Image. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Settings for Acquiring a Chemical Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
Acquire and Analyze a Chemical Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Profile Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Reanalyze Image Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Video Image-Based Particle Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Chemical Image-Based Particle Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Settings for Particle Analysis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Summary of Contents for DXR xi
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Page 67: ...Safety Information Thermo Scientific DXRxi User Guide 61...
Page 68: ...Safety Information 62 DXRxi User Guide Thermo Scientific...
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