background image

Acquire Images

Objective List

 All require 0.17mm coverslip unless noted

2 5x                                 Plan-Neofluar

1

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   . 0.075
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  9.5
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   .  139

m

m

Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  440310

5x                                     Plan-Neofluar

1

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   . 0.075
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  9.5
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   . 31.1

m

m

Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  440310

10x                                   Plan-Neofluar

1

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   0.30
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  5.6
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   . 8.69

m

m

Phase .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   Ph-1
DIC .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   . DIC II
Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  440331

20x                          Plan-Apochromat

3

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   0.80
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .    0.55
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   . 1.34

m

m

DIC .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   . DIC II
Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   . 440640

40x OIL                  Plan-Apochromat

3

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  1.4
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  .19
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   .   514nm
DIC .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .DIC III
Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   . 440865

50x EC Epiplan Air            EC-Epiplan

4

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  0.7
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  .1.1
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   . 1.27

m

m

Coverslip  .   .   .   .   .   .   .   .   .   None required
DIC .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .DIC III
Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  422070-9960

63x  OIL                  Plan-Apochromat

3

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  1.4
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .0.19
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   .   561nm
DIC .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .DIC III
Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  440762

100x OIL                Plan-Apochromat

3

NA  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  1.4
WD(mm)   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .0.17
Depth of Field (560nm)   .   .   .   .   .   .   514nm
DIC .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .DIC III
Part # .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   . 440780

Objective Notes:

1 ) Plan-Neofluar: very good quality-correct-

ed for spherical aberration and corrected 

for chromatic aberration in red and blue 

wavelengths 

2 ) Achroplan: good quality-corrected for 

adequate field flatness (spherical aberra-

tion) and chromatic aberration in red and 

blue wavelengths to a lesser degree than the 

Neofluar  A compromise for special applica-

tions like long working distance 

3 ) Plan-Apochromat: excellent quality cor-

rect for spherical aberration and corrected 

for chromatic aberration in red, blue and 

green wavelengths 

4 ) EC Epiplan: Enhanced Contrast Univer-

sal objectives for materials microscopy 

allowing brightfield, differential interfer-

ence contrast and polarization methods  

HD versions provide darkfield capability in 

addition 

Acquire Image Stacks (Z-Series).
1.  Select Imaging > Acquire Image Stack

Spatial Calibration:

Olympus Microfire color CCD

            

2.5x Bin 1 .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   2.8 

m

m/pixel

5x Bin 1 .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  1.45 

m

m/pixel

10x Bin 1   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  0.73 

m

m/pixel

20x Bin 1  .   .   .   .   .   .   .   .   .   . 0.36 

m

m/pixel

40x Bin 1  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  0.18 

m

m/pixel

50x Bin 1  .   .   .   .   .   .   .   .   .   .   0.14 

m

m/pixe

63x Bin 1   .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  0.11 

m

m/pixel

100x Bin 1 .   .   .   .   .   .   .   .   .   .  0.07 

m

m/pixel

Original images found in: \stereology work-
space\Tutorials\Calibration Images

2.  Select Options... then Set top and 

bottom, this will change the appearance 

of the Image acquisition menu allow-

ing selection of a focus point above the 

sample and a focus point below. Set the 

top of the stack and the bottom of the 

stack.
3.  Set the distance between images to 

any reasonable number from .1 mm to 

With StereoInvestigator

2mm depending on the objective.
4.  Set the delay between images to 750 

ms, this will allow the stage time to settle 

before the next image is acquired.
5.  Acquire image stack.
Multichannel acquire with bring up ad-

vanced options for fluorescence imaging.
6.  Save image stack.
Setting delay to at least 750ms will re-

duce stage chatter during image acquisi-

tion.

Summary of Contents for AxioImager A1

Page 1: ...Instructions for Zeiss AxioImager A1 Microscope for Stereology Basic operation instructions as of 10 1 2009 The Stereology Workstation By Jon Ekman...

Page 2: ...fluorescence viewing Press the RL Key Set Reflector Turret to 2 Eyes DUAL 470EX 560EX 515EM 620EM Adjust the Incident Iris Stop Slider until light intensity is adequate Find Focus preferably on a dye...

Page 3: ...crews 3 5 Open luminous field diaphragm 1 to edge of field 6 Adjust contrast using condenser aperture diaphragm slider 4 In most cases adjust aperture diaphragm slider to mark matching the NA of the o...

Page 4: ...oscope and in the software Align for Koehler Illumination Grid Tune Calibration 8 Select Tools Grid Tune Current Lens 9 Tell the software the box size Large grid 250mm Small grid 25mm 10 Drop the anch...

Page 5: ...o ing a pilot study will ensure that quality data is generated by obtaining the best estimates of total cell number Step 1 Set up the subject 1 Number of sections to count De fault is 1 new sections c...

Page 6: ...eing counted NOTE Section Thickness measurements Guard Zones Step 8 Define Dissector Options Set Guard zones so that an over or under estimation of cell totals does not occur Do not count cells that f...

Page 7: ...of Results The first items to appear in the results window are the parameters for your study Marker will show the estimated total cell numbers Do not be alarmed if some of the results are 0 Here is t...

Page 8: ...with setting exposure Gain and other camera specific options 6 Adjust Exposure and white balance using More button in the Camera Set tings window another window will pop up with the basic Olympus Pic...

Page 9: ...3 Plan Apochromat excellent quality cor rect for spherical aberration and corrected for chromatic aberration in red blue and green wavelengths 4 EC Epiplan Enhanced Contrast Univer sal objectives for...

Page 10: ...as the Z drive in the windows environment ITG is equipped with gigabit ethernet and saving to the Z drive is relatively fast Also this permits easy access to the data from any computer in the world u...

Page 11: ...hers 1998 Michalet X Kapanidis A N Laurence T Pinaud F Doose S Pflughoefft M and Weiss S The power and prospects of fluorescence microscopies and spectrosco pies Annu Rev Biophys Biomolec Struct 32 16...

Reviews: