Contents
About this guide ............................................................ 5
Revision history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Purpose of the guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
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CHAPTER 1
Product information ....................................... 6
Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Required materials and equipment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Update the software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Instrument installation by trained personnel only . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Nucleic acid contamination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Instrument vibration and clearances . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Static electricity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
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CHAPTER 2
System components ....................................... 9
Internet connectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Ion Torrent S5
™
System component positions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Ion Torrent S5
™
and Ion Torrent S5
™
XL Sequencer input and output connections . . . . . . 12
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CHAPTER 3
Create a Planned Run .................................... 13
About planned runs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Create a planned run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Planned run wizard: key fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
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CHAPTER 4
Instrument operation .................................... 16
Power the Ion Torrent S5
™
or Ion Torrent S5
™
XL Sequencer on or off . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Power on . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Power off . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Chip handling guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Select the planned run and perform the run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Update the Ion Torrent S5
™
System software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Clean the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Ion Torrent S5
™
andIon Torrent S5
™
XL Instrument User Guide
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