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Last edited: 14 August 2020 

 

Hitachi FlexSEM 1000 User Guide / Operation Procedures  

 

No food and drinks 

are allowed in the room 

 

Remember to 

“Sign in”

 on the sign-up sheet 

 

Turn on the 

ROOM IN USE

 light (red light switch) when the SEM is in use  

 

Wear gloves 

when handling the samples and sample holders

 

 

Ensure that you 

transfer your data

 into OMERO or Z: drive by the end of the imaging session

 

Starting the SEM 

 

Turn on the main switch mounted on the wall for the SEM, then turn on the power switch on 
the side of the SEM 

 

Open the FlexSEM1000 software. There is no password needed to press 

Start

o

 

Note

: It may take several minutes for the SEM to clear the chamber of air. Please 

wait until 

Specimen exchange

 button is ready  

Loading the Sample 

 

Press the green 

Specimen exchange 

button once it becomes available and allow time for the 

SEM to fully vent the chamber with air 

o

 

Note

:

 

Initial stage position should be: X = 0.000mm, Y = 0.000mm, R = 0.0deg, Z = 

~23.0mm, T = 0.0deg 

 

Put on gloves and mount the sample on the appropriate sample holder 

 

Adjust the height of the specimen on the sample holder using the height gauge 

o

 

Note

: For the large and tilt holder, adjust the height until the gap between the 

height gauge and the topmost surface of the specimen is approximately 1 mm. For 
the cup-shaped holder, set the topmost surface of the specimen to the same 
position as the upper surface of the specimen holder.  

 

Once the specimen exchange is available, open the airlock door fully and load your sample 

o

 

Note

: Ensure that the sample holder is mounted properly on the stage  

 

Select the sample holder type on the interface 

o

 

Note

:

 

For the tilt holder, stage Z direction position has to be set at 5.0mm. Warning 

sign will show up if it is not at 5.0mm, follow the instruction accordingly  

o

 

For the cup holder and large holder, you will be required to select the stub size that 
you are using (typically either Ø26 or Ø15mm) 

 

Click 

Next  

 

 

Select 

Capture,

 and allow the stage to move the sample into the view of the camera 

o

 

Note: Please do not insert the airlock door until the SEM map says 

Freeze

 

 

Insert 

the airlock door until it is “locked” and a s

mall gap remains in the door 

 

At this point, 

EVAC 

button will become available on the interface, and pressing it will 

commence evacuating the SEM, creating a vacuum environment  

o

 

Note: While the SEM is evacuating, you may need to manually align the observation 
area (red circle) with the stub on the SEM map. Using the mouse, drag the center of 
the red circle to map onto the circumference of the stub 

Saving the Image 

 

Select 

Menu > Save condition settings > Save settings 

o

 

Note

: Here, you can configure your filename, location and file type  

 

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